Después de instalar varios reproductores como mplayer y no conseguir el resultado esperado para reproducir videos FLV encontre un paquete que habilita una gran cantidad de formatos de forma nativa para quicktime, muy sencillo de intalar y es OpenSource.
El programa se llama Perian.
Formatos Sopotados: AVI, DIVX, FLV, MKV, GVI, VP6, and VFW
http://perian.org/
